L’edificio fu ristrutturato nel 1613, subì poi diversi lavori di rifacimento, nel corso del XIX secolo, che interessarono anche la facciata. L’interno, a navata unica, conserva importanti opere d’arte: Il sudario portato dagli angeli del Guercino (brano d’affresco del 1612-13, poi trasportato su tela), L’Arcangelo Michele (1613 ca.) di Denijs Calvaert e San Francesco riceve le stigmate (1618-20) attribuita a Lorenzo Gennari, forse con interventi del Guercino.
Dall’inizio del 1700 si riunisce nella chiesa la Compagnia del Sacco, fondata con finalità benefiche dal padre cappuccino Giovanni da Sestola nel 1641.
A distanza di secoli, ancora oggi i confratelli della Compagnia del Sacco partecipano, nella Basilica di San Biagio, alla celebrazione delle Quarantore, abbigliati con il  radizionale saio bianco cinto di corda e con il volto nascosto dal cappuccio.

La chiesa è temporaneamente chiusa